В сентябре климат в Усть-Пинеге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Пинеге 14 пасмурных, 12 дождливых, 2 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.