Июнь в Верхнеколымске — самый ветреный месяц в году. В июне климат в Верхнеколымске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 18 градусов тепла. В среднем в июне в Верхнеколымске 14 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 5 дождливых и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.