Сентябрь в Верхнеколымске — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Верхнеколымске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнеколымске 14 пасмурных, 7 дождливых, 6 ясных, 2 с переменной облачностью и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.