В сентябре климат в Верхнем Алыштане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнем Алыштане 14 дождливых, 6 ясных, 6 с переменной облачностью и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.