В сентябре климат в Верхнем Нергене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнем Нергене 17 дождливых, 7 ясных, 5 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Верхний Нерген cчитается местом, некомфортным для посещения.