В сентябре климат в Ытык-Кюёле можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ытык-Кюёле 15 пасмурных, 6 ясных, 5 дождливых и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.