В апреле климат в Южно-Енисейске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в апреле 1 градус тепла. В среднем в апреле в Южно-Енисейске 16 дождливых, 10 со снегом, 3 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В апреле, а также в январе, феврале, мае и сентябре Южно-Енисейск cчитается местом, некомфортным для посещения.