Сентябрь в Заполярном — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Заполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Заполярном 21 дождливый, 8 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Заполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.