В сентябре климат в Заполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Заполярном 20 дождливых, 7 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Заполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.