Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Зеленоборске 16 дождливых, 12 пасмурных, 1 ясный и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Зеленоборск cчитается местом, некомфортным для посещения.