В сентябре климат в Жалгызапане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Жалгызапане 15 ясных, 9 с переменной облачностью, 5 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае Жалгызапан cчитается местом, комфортным для посещения.