Церковь Иоанна Предтечи, освящённая в 1751 году, — самый высокий в Каргополе храм (35 м). Несмотря на грандиозные размеры, церковь имеет довольно простой и скромный декор. Её восьмиугольные окна выходят на три стороны, три алтарные апсиды завершаются «кокошниками», а купола имеют несколько непривычную для северной архитектуры форму: они представляют собой два барабана с двумя луковками. В 1996 году, когда отмечалось 850-летие Каргополя, церковь Иоанна Предтечи была возвращена Русской православной церкви, почти 10 лет реставрировалась, а в 2005 году в ней состоялась первая за долгие годы служба.